Музей открылся в 1958 году, когда его перевели из Национального музея в бывший тренировочный зал военно-морского флота на Шеппсхольмене в Стокгольме. Нынешнее здание было построено в 1998 году и примыкает к старым помещениям музея по проекту испанского архитектора Рафаэля Монео. Moderna Museet также открылся в Мальмё в 2009 году.

Коллекция произведений искусства Moderna Museet насчитывает более 130 000 произведений в различных носителях. Первоначально в коллекции преобладали три категории – шведское и скандинавское искусство, французский модернизм и американское искусство 1950-х и 60-х годов. В коллекцию вошли новаторские женщины-художницы 20-го и 21-го веков, а также произведения из глобализированного мира.